| Ketua Departemen Budidaya Perairan |
| Prof. Dr. Muhammad Agus Suparrayudi, M.Si |
| Sekretaris Departemen Budidaya Perairan |
| Dr. Ir. Iis Diatin, M.M |
| Ketua Program Studi Pascasarjana |
| Ketua | : Prof. Dr. Ir. Widanarni, M.Si. |
| Sekretaris | : Dr. Dinamella Wahjuningrum,S.Si.,M.Si. |
| Ketua Komisi Pendidik Sarjana |
| Ketua | : Dr. Munti Yuhana, S.Pi, M.Si. |
| Sekretaris | : Dr. Ir. Yani Hadiroseyani, M.M |
| Kepala Lab. Teknik Produksi dan Manajemen Akuakultur |
| Kepala Bagian | : Dr. Ir. Tatag Budiardi, M.Si. |
| Kepala Lab. Reproduksi dan Genetika Organisme Akuatik |
| Kepala Bagian | : Prof. Dr. Muhammad Zairin Jr. M.Sc. |
| Kepala Lab. Nutrisi Ikan |
| Kepala Bagian | : Dr. Dedi Jusadi |
| Kepala Lab. Kesehatan Organisme Akuatik |
| Kepala Bagian | : Dr. Sukenda. M.Sc. |
| Kepala Lab. Lingkungan Akuakultur |
| Kepala Bagian | : Prof. Dr. Djoko Setiyanto, DEA. |
| Koodinator Teaching Farm |
| – Dr. Ir. Muhammad Agus Suparayudi, M.Si. |
| Koodinator Kerjasama |
| – Dr. Julie Ekasari, S.Pi., M.Si. |
| Koodinator Kemahasiswaan |
| – Fajar Maulana, S.Pi., M.Si. |
| Kepala Tata Usaha |
| Ketua | : Wiyanta, SE. |
| Urusan Akademik & Kemahasiswaan |
| – Yuli Rohmalia, A.Md. |
| Urusan Keuangan | |
| – Hani Marlina, A.Md |
| Urusan Umum & Rumah Tangga |
| – Yaya Hudaya | |
Urusan IT, Web & Adm. Pascasarjana
|
| – Ahmad Farid Firdaus, A.Md |
| Urusan Kepegawaian |
| – Eggi Gumelar | |